Sappiamo che il villaggio di SS. Giovanni e Paolo sorse dopo il Mille poichè non si trova nominato nella bolla di consacrazione episcopale del 979 di Stefano vescovo e poi Santo Patrono della Città. La chiesa è menzionata la prima volta come chiesa di S. Giovanni nel casale di SS. Giovanni e Paolo in una pergamena del gennaio 1284.

Successivamente la ritroviamo nelle Rationes Decimarum Italiae - Campania, volume che raccoglie le decime dovute alla camera apostolica per l’imposta straordinaria sulle rendite ecclesiastiche raccolte dai collettori diocesani, ove leggiamo che nel 1326 la Chiesa di S.Iohannis ad Paulum versava 5 grana di decima. Nel sec. XVI e nel 1567 la chiese delle località di Pantaniello e Bucciano furono unite alla chiesa di SS. Giovanni e Paolo che divenne parrocchia. La frammentarietà della documentazione non permette di ricostruire la storia del manufatto fino al 1618. Infatti una epigrafe murata sul muro frontale, a destra dell'ingresso, ricorda lavori risalenti al 1618 che, probabilmente ristrutturando l’antica fabbricato medioevale, trasformarono la chiesa nelle forme attuali. Nella sagrestia tracce dell'antica sistemazione si vedono nei superstiti cardini degli infissi.

La chiesa ospitava nel ‘700 la Confraternita del SS. Rosario, fondata con statuto l’8 aprile del 1785, ed attiva fino agli anni 60 del secolo scorso, che in realtà raccoglieva l’eredità di una più antica confraternita intitolata al Santissimo.
Nel corso dell’800 la confraternita ebbe poi un proprio oratorio attiguo alla chiesa con altare ligneo. Una lapide murata nella controfacciata ricorda i lavori promossi nell'immediato dopoguerra dal parroco Raffaele Gagliardi realizzati dal Genio Civile di Caserta, consistenti in opere di riordino e adeguamento delle finiture, conclusi nel 1953. Nella chiesa vi sono tre altari di fabbrica: l’Altare Maggiore è intitolato al SS. Sacramento, a destra entrando v’è altare dedicato alla Madonna Addolorata a cui si contrappone, a sinistra, l’altare dedicato alle Anime del Purgatorio.

La chiesa evidenzia una forma cinque-seicentesca attestata dalle murature "a cantieri", di tufo grigio, osservabili all'esterno sui fianchi destro e sinistro. In corrispondenza del lato sinistro si osserva, al livello terraneo, un'ampia apertura arcata, ora murata, probabilmente ascrivibile ad uno spazio di sepoltura. La cupola, protetta da un manto rustico di coppi e canali, è impostata su murature in tufo grigio di età moderna mentre il campanile, ripartito da cornici in tufo grigio, mostra caratteri propri delle costruzioni della prima età moderna. Gli ambienti retrostanti, la casa canonica e i relativi esterni sono stati profondamente ristrutturati dopo il sisma del 1980, perdendo le connotazioni tradizionali.

Accessibile, con presenza di scale.