Secondo gli storici locali la Chiesa e il Convento di San Francesco sono sorti su un'area ove esisteva la piccola Chiesa di Santa Maria del Popolo di diritto patronato della della Città, donata al Santo di Assisi di passaggio a Caiazzo, dal vescovo Almundi e dagli Eletti. Nel Convento presero dimora i Frati Conventuali e. come si legge in antiche pergamene, già nel 1306 un cittadino donò una piccola somma d'argento per la ristrutturazione della chiesa di  S. Francesco così come nel 1314 troviamo la prima notizia di una vedova che dispone, nel suo testamento, di essere sepolta nella chiesa. Nel catasto onciario del 1743 è anche annotata la celebrazione di alcune messe per i fondatori, tra i quali un esponente della famiglia San Severino, conti di Caiazzo dal 1339, che probabilmente contribuirono a terminale le fabbriche nelle forme che oggi appaiono anche dopo i lavori di ristrutturazione di metà '700.

Il Convento fu soppresso dal Decreto Murat del 1809, che sanciva l’abolizione dei conventi con rendite. In seguito ha ospitato i Religiosi Adoratori del Sacramento e la Chiesa è appartenuta alla Confraternita del Suffragio. Dal 1883 gli ambienti del convento ospitano gli uffici comunali, che prima si trovavano nella Piazza Maggiore, mentre la chiesa ha mantenuto lo status di edificio di culto anche dopo i danni subiti nel corso della Seconda Guerra Mondiale con la distruzione del tetto e del soffitto, di tavole lignee dipinte, opera del 1710 Tommaso Giaquinto sostituito da  un solaio di travi di ferro. La facciata si presenta incorniciata in forme classicheggianti delimitata da due paraste  e sormontata da un timpano triangolare.

Dell'antica fabbrica medioevale la chiesa, ad aula unica, conserva l'arco a sesto acuto che immette nel presbiterio sormontato da una volta a crociera  del trecento come le volte ancora ben conservate nel chiostro adiacente. Ad inizi '900, durante i lavori di ripristino del pavimento, vennero scoperte le pietre sepolcrali, sulla pavimentazione del cinquecento, di alcune delle famiglie del ceto civile caiatino che avevano scelto S.Francesco per erigere i propri altari di patronato. Entrando nel chiostro,  caratterizzato dalle volte a crociera  e da archi a sesto acuto a sostegno degli ambulacri dell’antico convento, è ben visibile all'incrocio di due lati del quadrilatero, l'antico campanile in stile gotico diviso in cinque sezioni chiuse da un tamburo ottagonale con quattro bifore nella penultima sezione.

Accessibile, con presenza di scale.